E no campo do Simples Nacional, quem julgará um eventual recurso contra um auto de infração lavrado por fiscal municipal?

Será julgado pelas mesmas instâncias de julgamento do Município, nos termos do art. 39 da LC nº 123/2006.

Não importa se o auto foi lavrado pelo SEFISC ou por meio de peça de autuação do próprio Município. A jurisdição administrativa municipal prevalecerá em qualquer caso. Terá competência inclusive para julgar pontos relativos aos tributos federais e ao ICMS.